モジュール詳細:塩基配列

究極の科学者は、爆弾解除中にタンパク質を合成するのだ。

インジケーターを確認するには「付録A」を参照すること。

  • このモジュールには四つの英字が書かれたボタン、「OK」ボタン、「CLR」ボタン、二つのディスプレーがある。
  • モジュールを解除するには、英字のボタンを使用して正しいDNA配列を作成し「OK」ボタンを押して送信する。間違った配列を送信するとミスが記録される。「CLR」を押すと全ての入力を削除する。
  • 通常入力する配列はセンス鎖である。最終的な入力配列の切り替えについて指示された場合、センス鎖アンチセンス鎖を切り替える。

初期アミノ酸の特定

以下の表を使用し、モジュール上の四つの英字の順序を示す初期アミノ酸を特定する。最初に一致する条件に従う。ボタンは左から順番に参照する。

条件 初期アミノ酸
ボタンはアルファベット順に表示されている。 Trp
「ACT」の文字列がいずれかにある。 Gly
「G」が最後のボタンのラベルである。 Tyr
「T」が最初のボタンのラベルである。 Cys
ラベル「C」のボタンがラベル「A」とラベル「T」のボタンより前にある。 Arg
ラベル「A」のボタンとラベル「T」のボタンが隣接している。 Leu
ラベル「G」のボタンとラベル「C」のボタンが隣接している。 Ala
いずれも該当しない。 Asn

アミノ酸配列の特定

先程のステップで取得したアミノ酸から開始し、以下の図を使用して四つのアミノ酸の配列を取得する。配列内の次のアミノ酸を決定するためには、最後に決定したアミノ酸をグラフで探し、次のアミノ酸への経路を以下のルールで選択する。

  • 爆弾に経路の名前と一致する点灯したインジケーターがある場合、その経路を辿る。一つ以上の経路がこのルールに該当する場合、アルファベット順で最初に現れるインジケーターを使用する。
  • そうでない場合、爆弾に経路の名前と一致する点灯していないインジケーターがある場合、その経路に従い、最終的な入力配列を切り替える。一つ以上の経路がこのルールに該当する場合、アルファベット順で最初に現れるインジケーターを使用する。
  • そうでない場合、アルファベット順で最初に現れる経路を辿る。
  • どの経路も複数回辿ることはできない。このルールは上記のすべてのルールよりも優先される。
CLR TRN NSA SND NSA FRK TRN CAR SIG FRQ MSA SIG FRQ IND BOB TRN BOB FRK FRQ MSA SIG CLR SND IND IND CLR CAR BOB SND FRK MSA Trp Glu Phe Asn Val Ala Ile His Pro Leu Gln Arg Tyr Cys Lys Met Asp Thr Ser Gly

入力配列の特定

以下の表を使用して、アミノ酸配列を対応するセンス鎖に変換する。これが最終的な入力配列となり、送信する文字列となる。

アミノ酸
コード
アミノ酸名 コドン アミノ酸
コード
アミノ酸名 コドン
Phe フェニルアラニン TTT Leu ロイシン TTA
Met メチオニン ATG Ile イソロイシン ATC
Val バリン GTA Ser セリン TCG
Pro プロリン CCA Thr トレオニン ACC
Ala アラニン GCT Tyr チロシン TAT
His ヒスチジン CAT Gln グルタミン CAG
Asn アスパラギン AAC Lys リシン AAA
Asp アスパラギン酸 GAT Cys システイン TGC
Glu グルタミン酸 GAA Trp トリプトファン TGG
Arg アルギニン CGC Gly グリシン GGG

最終的な入力配列がアンチセンス鎖である場合、まずセンス鎖の相補配列を得る必要がある。以下の表を使用し、配列のすべてのヌクレオチドをその相補ヌクレオチドに置き換える。いずれの配列も5′末端から3′末端の方向で入力する必要があるため、送信前にアンチセンス鎖は文字列を逆順にすること。下の図はこの考え方を明確にするためのものである。

ヌクレオチド 相補
ヌクレオチド
A T
T A
G C
C G